shRNA

Малые РНК, образующие шпильки, или кшРНК (короткие РНК, образующие шпильки англ. shRNA, small hairpin RNA, short hairpin RNA) — короткие молекулы рибонуклеиновых кислот, образующие во вторичной структуре плотные шпильки (структуры типа «стебель-петля»). ShRNA могут быть использованы для подавления экспрессии генов путём РНК-интерференции. Короткие РНК, образующие шпильки, вводят в клетки при помощи векторов, в которых кодирующие их последовательности находятся под контролем конститутивно активных (таких как U6) или индуцируемых промоторов. Такие векторы, как правило, содержат последовательности нуклеотидов, которые позволяют им интегрироваться в геном клетки и тем самым обеспечивать наследуемое подавление экспрессии целевого гена^[1].

Малые РНК, образующие шпильки, транскрибируются РНК-полимеразой III. Образование shRNA в клетках млекопитающих иногда вызывает интерфероновый ответ для защиты клетки, как в случае вирусной атаки. Такие процессы не наблюдаются в случае miRNA (микроРНК), которые транскрибируются РНК-полимеразой II^[2].

После завершения транскрипции малые РНК, образующие шпильки, разрезаются клеточными ферментами с образованием малых интерферирующих РНК (англ. siRNA). Малые интерферирующие РНК входят в состав РНК-индуцируемого комплекса выключения гена (RISC). Этот комплекс связывается с мРНК, участки которых комплементарны siRNA, и разрезает их.

Малые РНК, образующие шпильки, также используются и у растений. В таком случае традиционно используют конститувно активный промотор CaMV35S из вируса мозаики цветной капусты (англ. cauliflower mosaic virus 35S promoter)^[3].

Примечания

↑ Paddison P., Caudy A., Bernstein E., Hannon G., Conklin D. Short hairpin RNAs (shRNAs) induce sequence-specific silencing in mammalian cells (англ.) // Genes Dev. : journal. — 2002. — Vol. 16, no. 8. — P. 948—958. — doi:10.1101/gad.981002. — PMID 11959843.
↑ Cao W., Hunter R., Strnatka D., McQueen C., Erickson R. DNA constructs designed to produce short hairpin, interfering RNAs in transgenic mice sometimes show early lethality and an interferon response (англ.) // J. Appl. Genet. : journal. — 2005. — Vol. 46, no. 2. — P. 217—225. — PMID 15876690.
↑ McIntyre G., Fanning G. Design and cloning strategies for constructing shRNA expression vectors (англ.) // BMC Biotechnol. : journal. — 2006. — Vol. 6. — P. 1. — doi:10.1186/1472-6750-6-1. — PMID 16396676. (недоступная ссылка)

[1] Paddison P., Caudy A., Bernstein E., Hannon G., Conklin D. Short hairpin RNAs (shRNAs) induce sequence-specific silencing in mammalian cells (англ.) // Genes Dev. : journal. — 2002. — Vol. 16, no. 8. — P. 948—958. — doi:10.1101/gad.981002. — PMID 11959843.

[2] Cao W., Hunter R., Strnatka D., McQueen C., Erickson R. DNA constructs designed to produce short hairpin, interfering RNAs in transgenic mice sometimes show early lethality and an interferon response (англ.) // J. Appl. Genet. : journal. — 2005. — Vol. 46, no. 2. — P. 217—225. — PMID 15876690.

[3] McIntyre G., Fanning G. Design and cloning strategies for constructing shRNA expression vectors (англ.) // BMC Biotechnol. : journal. — 2006. — Vol. 6. — P. 1. — doi:10.1186/1472-6750-6-1. — PMID 16396676. (недоступная ссылка)

[1]

[2]

[3]