Нанотехнологии на основе ДНК

Эта статья находится на начальном уровне проработки, в одной из её версий выборочно используется текст из источника, распространяемого под свободной лицензией
Материал из энциклопедии Руниверсалис
Дважды пересекающаяся структура из ДНК в геле.

Нанотехнологии на основе ДНК (англ. DNA nanotechnology) — разработка и производство искусственных структур из нуклеиновых кислот для технологического использования. В этой научной области нуклеиновые кислоты используются не как носители генетической информации в живых клетках, а в качестве материала для нужд небиологической инженерии наноматериалов.

В технологии используются строгие правила спаривания оснований нуклеиновых кислот, которые для формирования прочной жесткой структуры двойной спирали допускают только связывание вместе частей нитей с комплементарными последовательностями оснований. Исходя из этих правил, появляется возможность инженерного проектирования последовательности оснований, которая будет выборочной сборкой образовывать сложные целевые структуры с точно настроенными наноразмерными формами и свойствами. В основном, для создания материалов используется ДНК, однако были построены и структуры с включением других нуклеиновых кислот, таких как РНК и пептидо-нуклеиновые кислоты (ПНК), позволяя использовать для описания поля технологий название «нанотехнологии на основе нуклеотидных оснований»[1][2] .

Основная концепция нанотехнологий на основе ДНК была впервые предложена в начале 1980-х годов Надрианом Симэном, и в середине 2000-х годов это поле для исследований начало привлекать широкий интерес. Исследователи, работающие в новой появляющейся области технологий, создали статические структуры, такие как двух- и трёхмерные кристаллические решётки, нанотрубки, многогранники и другие произвольные формы, а также — функциональные структуры, такие как молекулярные машины и ДНК-компьютеры.

Для сборки этих структур используется множество методов, включая плиточное структурирование, где плитки собираются из более мелких структур, складывающиеся структуры, создаваемые с помощью метода ДНК-оригами, и динамически перестраиваемые структуры, создаваемые с использованием методов перемещения пряди. Исследовательское поле начинает использоваться в качестве инструмента для решения проблем фундаментальной науки в областях структурной биологии и биофизики, включая прикладные задачи кристаллографии и спектроскопии для определения структуры белка. Также ведутся изыскания для потенциального применения в масштабируемой молекулярной электронике и наномедицине.

Основные понятия

Свойства нуклеиновых кислот

Эта четрёхнаправленная связь в ДНК-перекрёстке, которая даёт наибольшее количество правильных спаренных оснований, в которых A подходит к T и C подходит к G[3][4]
Дважды пересекающаяся сверхмолекулярная конструкция, состоящая из пяти одиночных нитей ДНК, которые образуют две двойно-спиральных области, сверху и снизу этого изображения. Представлены две точки пересечения, где ветви пересекаются и образуют пересечение областей[3]

Под нанотехнологиями часто подразумевают изучение материалов и устройств, размеры составляющих которых меньше 100 нм. Нанотехнологии на основе ДНК, в частности, являются примером восходящей самосборки молекул, в которых молекулярные компоненты спонтанно организуются в устойчивые структуры; конкретный вид этих структур определяется физическими и химическими свойствами составляющих, выбранных конструкторами[5]. В нанотехнологиях на основе ДНК материалом составляющих являются нити нуклеиновых кислот, таких как ДНК, которые хорошо подходят для строительства наноразмерных объектов, поскольку двойная спираль из нуклеиновых кислот имеет диаметр 2 нм и длину одного участка оборота на 360° — 3,5 нм.

Ключевой особенностью, которая делает нуклеиновые кислоты более удобными для построения структур, отличающая их от других материалов, является то, что крепление между двумя нуклеиновыми кислотами зависит от простых и хорошо изученных правил спаренных оснований, при этом оно образует чётко определенную структуру, что в совокупности позволяет легко сборкой структур из нуклеиновых кислот через проектирование нуклеиновых кислот. Это особенность отсутствует в других нанотехнологичных материалах, в том числе — белках, проектирование которых очень затруднительно, а также — наночастицах, которые не имеют возможностей для управляемой самосборки[6].

Структура молекулы нуклеиновой кислоты состоит из последовательности нуклеотидов, которые различаются по содержащимся в них азотистым основаниям. В ДНК представлены четыре основания: аденин (А), цитозин (C), гуанин (G) и тимин (Т). Нуклеиновые кислоты обладают тем свойством, что молекулы, в процессе образования двойной спирали, связываются друг с другом только если две последовательности азотистых оснований комплементарны. То есть это значит, что они образуют подходящие последовательности пар оснований, в которых А прикрепляется только к T, а С прикрепляется только к G[6][7]. Поскольку формирование правильно подобранных пар оснований является энергетически выгодным, ожидается, что нуклеиновые кислоты в большинстве случаев связываются друг с другом в конформации, которая максимизирует количество правильно спаренных оснований. Таким образом, последовательности оснований в системе нитей позволяют определять образец связки и общую структуру объекта легко контролируемым путём. В нанотехнологиях на основе ДНК, последовательности оснований нитей определяются исследователями так, что взаимодействия спаривания заставляют нити собирать заданные конформации[4][6].

Подполя исследований

Нанотехнологии на основе ДНК иногда делят на два пересекающихся подполя: структурные нанотехнологии на основе ДНК и переменчивые нанотехнологии на основе ДНК. В структурных нанотехнологиях на основе ДНК (иногда — сокращённо СНнД (англ. SDN) основное внимание уделяется синтезу и характеристике нуклеиновых материалов и комплексов, которые собираются в конечные равновесные состояния. В то же время, переменчивые нанотехнологии на основе ДНК сосредоточены на комплексах с полезным неравновесным поведением, чьи состояния можно поменять путём химического или физического стимула. Некоторые наноразмерные комплексы, такие как нуклеиновые кислоты наномеханических устройств, сочетают в себе черты обоих (структурного и переменчивого) подполей[8][9].

Конструкции, построенные в рамках нанотехнологий на основе ДНК используют топологически разветвленные структуры нуклеиновых кислот, содержащие соединения. (В отличие от большинства биологических ДНК, существующих в виде неразветвленной двойной спирали). Одной из простейших разветвленных сборок является четырёхнаправленный узел, который состоит из четырёх отдельных нитей ДНК, части которых комплементарны по определенной схеме. В отличие от естественной структуры Холидея, каждое направление в неподвижном искусственном узле имеет отличную от других последовательность оснований, в результате чего точки соединения оказываются в строго определённом месте. В одной сборке могут быть объединены множественные переходы, например, в широко используемое двойное пересечение (ДП (англ. DX)), которое содержит две параллельных области двойных спиралей со взаимным пересечением прядей областей в двух различных точках. Каждая точка пересечения топологически сама является четырёхнаправленным узлом, при этом ограничена в одной ориентации. Так что в отличие от гибкого одиночного четырёхнаправленного узла, двойное пересечение обеспечивает жёсткость, что делает его подходящим строительным блоком для увеличения сборок ДНК[6][4].

Переменчивые нанотехнологии на основе ДНК для того, чтобы обеспечить возможность перестроить сборку нуклеиновых кислот (в ответ на добавление новой нуклеиновой кислоты), используют механизм, называемый «опороопосредованное смещение нитей». В этой реакции входящая нить связывается с одноцепочечной опорной областью двухцепочечной сборки, а затем — вытесняет одну из связанных оригинальной сборки при помощи процесса «миграции ветви». Как результат, одна из ветвей сборки заменяется другой[8]. Кроме того, перестраиваемые сборки и устройства можно создавать, используя функциональные нуклеиновые кислоты, такие как дезоксирибозимы и рибозимы, которые способны производить химические реакции и аптамеры, которые могут связываться со специфическими белками или небольшими молекулами[10].

Галерея

Слева: модель плитки из ДНК, используемая для создания другой двумерной периодической решётки. Справа: атомарная усиливающая микрофотография собранной решётки[11][12].
Пример апериодической двумерной решетки, которая собирается во фрактальный узор. Слева: фрактальный Треугольник Серпинского. Справа: массивы из ДНК, которые представляют отображение Треугольника Серпинского на своих поверхностях[13].

Примечания

  1. ↑ RNA nanotechnology: Chworos, Arkadiusz; Severcan, Isil; Koyfman, Alexey Y.; Weinkam, Patrick; Oroudjev, Emin; Hansma, Helen G.; Jaeger, Luc. Building Programmable Jigsaw Puzzles with RNA (англ.) // Science. — 2004. — Vol. 306, no. 5704. — P. 2068—2072. — doi:10.1126/science.1104686. — Bibcode: 2004Sci...306.2068C. — PMID 15604402.
  2. ↑ RNA nanotechnology: Guo, Peixuan. The Emerging Field of RNA Nanotechnology (англ.) // Nature Nanotechnology : journal. — 2010. — Vol. 5, no. 12. — P. 833—842. — doi:10.1038/nnano.2010.231. — Bibcode: 2010NatNa...5..833G. — PMID 21102465.
  3. ↑ 3,0 3,1 Overview: Mao, Chengde. The emergence of complexity: lessons from DNA (англ.) // PLoS Biology : journal. — 2004. — December (vol. 2, no. 12). — P. 2036—2038. — doi:10.1371/journal.pbio.0020431. — PMID 15597116.
  4. ↑ 4,0 4,1 4,2 Overview: Seeman, Nadrian C. Nanotechnology and the double helix (англ.) // Scientific American. — Springer Nature, 2004. — June (vol. 290, no. 6). — P. 64—75. — doi:10.1038/scientificamerican0604-64. — PMID 15195395.
  5. ↑ Background: Pelesko, John A. Self-assembly: the science of things that put themselves together (англ.). — New York: Chapman & Hall/CRC, 2007. — P. 5, 7. — ISBN 978-1-58488-687-7.
  6. ↑ 6,0 6,1 6,2 6,3 Seeman, Nadrian C. Nanomaterials based on DNA (англ.) // Annual Review of Biochemistry[англ.] : journal. — 2010. — Vol. 79. — P. 65—87. — doi:10.1146/annurev-biochem-060308-102244. — PMID 20222824.
  7. ↑ Background: Long, Eric C. Fundamentals of nucleic acids // Bioorganic chemistry: nucleic acids (англ.) / Hecht, Sidney M.. — New York: Oxford University Press, 1996. — P. 4—10. — ISBN 0-19-508467-5.
  8. ↑ 8,0 8,1 Dynamic DNA nanotechnology: Zhang David Yu, Seelig Georg. Dynamic DNA nanotechnology using strand-displacement reactions // Nature Chemistry. — 2011. — Февраль (т. 3, № 2). — С. 103—113. — ISSN 1755-4330. — doi:10.1038/nchem.957. [исправить]
  9. ↑ Structural DNA nanotechnology: Seeman, Nadrian C. An overview of structural DNA nanotechnology (англ.) // Molecular Biotechnology[англ.] : journal. — 2007. — November (vol. 37, no. 3). — P. 246—257. — doi:10.1007/s12033-007-0059-4. — PMID 17952671.
  10. ↑ Dynamic DNA nanotechnology: Lu Yi, Liu Juewen. Functional DNA nanotechnology: emerging applications of DNAzymes and aptamers // Current Opinion in Biotechnology. — 2006. — Декабрь (т. 17, № 6). — С. 580—588. — ISSN 0958-1669. — doi:10.1016/j.copbio.2006.10.004. [исправить]
  11. ↑ Other arrays: Strong, Michael. Protein Nanomachines (англ.) // PLoS Biology : journal. — 2004. — March (vol. 2, no. 3). — P. e73. — doi:10.1371/journal.pbio.0020073. — PMID 15024422.
  12. ↑ Yan H. DNA-Templated Self-Assembly of Protein Arrays and Highly Conductive Nanowires // Science. — 2003. — 26 сентября (т. 301, № 5641). — С. 1882—1884. — ISSN 0036-8075. — doi:10.1126/science.1089389. [исправить]
  13. ↑ Algorithmic self-assembly: Rothemund, Paul W. K.; Papadakis, Nick; Winfree, Erik. Algorithmic self-assembly of DNA Sierpinski triangles (англ.) // PLoS Biology : journal. — 2004. — December (vol. 2, no. 12). — P. 2041—2053. — doi:10.1371/journal.pbio.0020424. — PMID 15583715.
Источник — https://xn--h1ajim.xn--p1ai/index.php?title=Нанотехнологии_на_основе_ДНК&oldid=7225834