Рибозимы

Рибозим (сокращение от «рибонуклеиновая кислота» и «энзим»), также называемая ферментативной РНК или каталитической РНК — это молекула РНК, обладающая каталитическим действием. Многие рибозимы естественного происхождения катализируют расщепление самих себя или других молекул РНК, кроме того образование пептидной связи в белках происходит при помощи рРНК рибосомы. В рамках исследований, посвященных происхождению жизни, удалось создать искусственные рибозимы типа РНК-полимеразы, способные при определенных условиях катализировать свою собственную сборку^[1]. Первые лабораторные образцы показали невысокую каталитическую способность: они успевают собрать в цепочку не более 14 нуклеотидов за 24 часа, по истечении которых они разлагаются за счет гидролиза фосфодиэфирных связей, однако результат постепенно улучшается: в 2011 году достигнуто значение в 95 нуклеотидов^[2].

Открытие

До открытия рибозимов ферменты — белки, обладающие каталитическими свойствами^[3], — считались единственными органическими катализаторами. В 1967 году Карл Вёзе, Френсис Крик и Лесли Оргель впервые выдвинули предположение, что РНК может быть катализатором. Это предположение основывалось на том, что РНК может образовывать сложную вторичную структуру^[4]. Сейчас известно, что рибозимы и многие другие молекулы РНК имеют сложную третичную структуру^[5].

Каталитическая активность РНК впервые была обнаружена в 1980-е годы у пре-рРНК Томасом Чеком, изучавшим сплайсинг РНК у инфузории Tetrahymena thermophila, и Сидни Олтменом (Альтманом), работавшим с бактериальной рибонуклеазой P.

Рибозимом оказался участок молекулы пре-рРНК Tetrahymena, кодируемый интроном внехромосомного гена рДНК; этот участок осуществлял аутосплайсинг, то есть сам вырезал себя при созревании рРНК. Каталитическая активность также была обнаружена в РНК-субъединице комплекса рибонуклеазы P, участвующей в обработке пре-тРНК (впоследствии Альтман доказал, что эта активность может обеспечиваться рибозимом без участия белков).

В 1989 году Чек и Альтман (иногда эту фамилию пишут на русском "Олтмен") получили Нобелевскую премию по химии за «обнаружение каталитических свойств РНК»^[6].

Термин рибозим был введён Келли Крюгер и др. в статье, опубликованной в журнале Cell в 1982 году.

Действие

Хотя большинство рибозимов редко встречаются в клетках, иногда они очень важны для их существования. Например, активная часть рибосомы — молекулярной машины, осуществляющей трансляцию белков из РНК, — является рибозимом.

В качестве кофакторов некоторые рибозимы часто содержат двухвалентные ионы металлов, например, Mg²⁺.

То обстоятельство, что РНК может содержать наследственную информацию, позволило Уолтеру Гилберту выдвинуть предположение, что в древности РНК использовалась как в качестве генетического материала, так и в качестве катализаторов и структурных компонентов клетки, а впоследствии эти роли были перераспределены между ДНК и белками. Эта гипотеза сейчас известна как Гипотеза мира РНК.

Если РНК были первыми молекулярными машинами, использовавшимися в ранних живых клетках, то рибозимы, существующие сегодня (например, аппарат рибосомы), могут считаться живыми ископаемыми — образцами живых существ, состоящих из нуклеиновых кислот.

Недавние исследования сворачивания прионов показывают, что РНК может катализировать сворачивание белка в патологические конфигурации подобно ферментам-шаперонам^[7].

Известные рибозимы

Естественные рибозимы

В природе обнаружены следующие рибозимы:

Интроны групп I и II;
Свинцовый рибозим (leadzyme) — обнаружено несколько естественных образцов, хотя впервые был создан в лаборатории;
Рибозим, содержащий шпильку;
Рибозим типа hammerhead;
Рибозим вируса дельта-гепатита;
Рибозим Tetrahymena;
Рибозим VS;
Рибозим глюкозамин-синтазы (рибозим, активируемый глюкозамин-6-фосфатом).

Синтетические рибозимы

После обнаружения естественных рибозимов начались и исследования новых синтетических рибозимов, созданных в пробирке. Например, получены саморасщепляющиеся РНК, обладающие высокой каталитической активностью.

Тан и Брейкер^[8] выделили саморасщепляющиеся РНК путём отбора фрагментов из РНК, сформированных случайным образом. Среди синтетических рибозимов есть как обладающие уникальной структурой, не встречающейся или не обнаруженной в живой природе, как и другие, весьма схожие с природным рибозимом типа hammerhead.

Одна из методик обнаружения синтетических рибозимов — эволюционный метод. Этот подход полагается на двойственную природу РНК, которая является как катализатором, так и информационной цепочкой. За счёт такой двойственности довольно просто создать большие разнообразия РНК-катализаторов при помощи ферментов типа полимераз. Полученные рибозимы подвергаются мутациям путём обратной транскрипции при помощи обратных транскриптаз с образованием фрагментов кДНК в процессе мутагенной полимеразной цепной реакции.

См. также

Примечания

↑ Johnston W., Unrau P., Lawrence M., Glasner M., Bartel D. RNA-catalyzed RNA polymerization: accurate and general RNA-templated primer extension (англ.) // Science : journal. — 2001. — Vol. 292, no. 5520. — P. 1319—1325. — PMID 11358999. Архивировано 27 февраля 2012 года.
↑ Aniela Wochner, James Attwater, Alan Coulson, Philipp Holliger. Ribozyme-Catalyzed Transcription of an Active Ribozyme (англ.) // Science : journal. — 2011. — Vol. 332, no. 6026. — P. 209—212.
↑ Enzyme definition Архивная копия от 20 августа 2008 на Wayback Machine Dictionary.com Accessed 6 April 2007
↑ Carl Woese, The Genetic Code (New York: Harper and Row, 1967).
↑ Nils G. Walter, John M. Burke, David P. Millar. Stability of hairpin ribozyme tertiary structure is governed by the interdomain junction. Nature Structural Biology, 1999, 6, p. 544—549 doi:10.1038/9316
↑ Нобелевская премия по химии в 1989 Архивная копия от 4 декабря 2008 на Wayback Machine присуждена Томасу Чеку и Сидни Олтмену «за обнаружение каталитических свойств РНК».
↑ «Prion protein conversion in vitro» by S. Supattapone (2004) in Journal of Molecular Medicine Volume 82, pages 348—356.
↑ Jin Tang and Ronald R. Breaker. Structural diversity of self-cleaving ribozymes (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1997. — Vol. 97, no. 11. — P. 5784—5789. — PMID 10823936.

Ссылки

[1] Johnston W., Unrau P., Lawrence M., Glasner M., Bartel D. RNA-catalyzed RNA polymerization: accurate and general RNA-templated primer extension (англ.) // Science : journal. — 2001. — Vol. 292, no. 5520. — P. 1319—1325. — PMID 11358999. Архивировано 27 февраля 2012 года.

[2] Aniela Wochner, James Attwater, Alan Coulson, Philipp Holliger. Ribozyme-Catalyzed Transcription of an Active Ribozyme (англ.) // Science : journal. — 2011. — Vol. 332, no. 6026. — P. 209—212.

[3] Enzyme definition Архивная копия от 20 августа 2008 на Wayback Machine Dictionary.com Accessed 6 April 2007

[4] Carl Woese, The Genetic Code (New York: Harper and Row, 1967).

[5] Nils G. Walter, John M. Burke, David P. Millar. Stability of hairpin ribozyme tertiary structure is governed by the interdomain junction. Nature Structural Biology, 1999, 6, p. 544—549 doi:10.1038/9316

[6] Нобелевская премия по химии в 1989 Архивная копия от 4 декабря 2008 на Wayback Machine присуждена Томасу Чеку и Сидни Олтмену «за обнаружение каталитических свойств РНК».

[7] «Prion protein conversion in vitro» by S. Supattapone (2004) in Journal of Molecular Medicine Volume 82, pages 348—356.

[TangBreaker-8] Jin Tang and Ronald R. Breaker. Structural diversity of self-cleaving ribozymes (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1997. — Vol. 97, no. 11. — P. 5784—5789. — PMID 10823936.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]