Тромбин

Коагуляционный фактор II (тромбин)
Коагуляционный фактор II (тромбин)
	; Человеческий тромбин в комплексе с ингибитором (гирудин).
Доступные структуры
Доступные структуры
PDB	Поиск ортологов: PDBe, RCSB
Список идентификаторов PDB
Список идентификаторов PDB
	1A2C, 1A3B, 1A3E, 1A46, 1A4W, 1A5G, 1A61, 1ABI, 1ABJ, 1AD8, 1AE8, 1AFE, 1AHT, 1AI8, 1AIX, 1AWF, 1AWH, 1AY6, 1B5G, 1B7X, 1BA8, 1BB0, 1BCU, 1BHX, 1BMM, 1BMN, 1BTH, 1C1U, 1C1V, 1C1W, 1C4U, 1C4V, 1C4Y, 1C5L, 1C5N, 1C5O, 1CA8, 1D3D, 1D3P, 1D3Q, 1D3T, 1D4P, 1D6W, 1D9I, 1DE7, 1DIT, 1DM4, 1DOJ, 1DWB, 1DWC, 1DWD, 1DWE, 1DX5, 1E0F, 1EB1, 1EOJ, 1EOL, 1FPC, 1FPH, 1G30, 1G32, 1G37, 1GHV, 1GHW, 1GHX, 1GHY, 1GJ4, 1GJ5, 1H8D, 1H8I, 1HAG, 1HAH, 1HAI, 1HAO, 1HAP, 1HBT, 1HDT, 1HGT, 1HLT, 1HUT, 1HXE, 1HXF, 1IHS, 1IHT, 1JMO, 1JOU, 1JWT, 1K21, 1K22, 1KTS, 1KTT, 1LHC, 1LHD, 1LHE, 1LHF, 1LHG, 1MH0, 1MU6, 1MU8, 1MUE, 1NM6, 1NO9, 1NRN, 1NRO, 1NRP, 1NRQ, 1NRR, 1NRS, 1NT1, 1NU7, 1NU9, 1NY2, 1NZQ, 1O0D, 1O2G, 1O5G, 1OOK, 1OYT, 1P8V, 1PPB, 1QBV, 1QHR, 1QJ1, 1QJ6, 1QJ7, 1QUR, 1RD3, 1RIW, 1SB1, 1SFQ, 1SG8, 1SGI, 1SHH, 1SL3, 1SR5, 1T4U, 1T4V, 1TA2, 1TA6, 1TB6, 1TBZ, 1THP, 1THR, 1THS, 1TMB, 1TMT, 1TMU, 1TOM, 1TQ0, 1TQ7, 1TWX, 1UMA, 1UVS, 1VR1, 1VZQ, 1W7G, 1WAY, 1WBG, 1XM1, 1XMN, 1YPE, 1YPG, 1YPJ, 1YPK, 1YPL, 1YPM, 1Z71, 1Z8I, 1Z8J, 1ZGI, 1ZGV, 1ZRB, 2A0Q, 2A2X, 2A45, 2AFQ, 2ANK, 2ANM, 2B5T, 2BDY, 2BVR, 2BVS, 2BVX, 2BXT, 2BXU, 2C8W, 2C8X, 2C8Y, 2C8Z, 2C90, 2C93, 2CF8, 2CF9, 2CN0, 2FEQ, 2FES, 2GDE, 2GP9, 2H9T, 2HGT, 2HNT, 2HPP, 2HPQ, 2HWL, 2JH0, 2JH5, 2JH6, 2OD3, 2PGB, 2PGQ, 2PKS, 2PW8, 2R2M, 2THF, 2UUF, 2UUJ, 2UUK, 2V3H, 2V3O, 2ZC9, 2ZDA, 2ZDV, 2ZF0, 2ZFF, 2ZFP, 2ZFQ, 2ZFR, 2ZG0, 2ZGB, 2ZGX, 2ZHE, 2ZHF, 2ZHQ, 2ZHW, 2ZI2, 2ZIQ, 2ZNK, 2ZO3, 3B23, 3B9F, 3BEF, 3BEI, 3BF6, 3BIU, 3BIV, 3BV9, 3C1K, 3C27, 3D49, 3DA9, 3DD2, 3DHK, 3DT0, 3DUX, 3E6P, 3EE0, 3EGK, 3EQ0, 3F68, 3GIC, 3GIS, 3HAT, 3HKJ, 3HTC, 3JZ1, 3JZ2, 3K65, 3LDX, 3LU9, 3NXP, 3P17, 3P6Z, 3P70, 3PMH, 3PO1, 3QDZ, 3QGN, 3QLP, 3QTO, 3QTV, 3QWC, 3QX5, 3R3G, 3RLW, 3RLY, 3RM0, 3RM2, 3RML, 3RMM, 3RMN, 3RMO, 3S7H, 3S7K, 3SHA, 3SHC, 3SI3, 3SI4, 3SQE, 3SQH, 3SV2, 3T5F, 3TU7, 3U69, 3U8O, 3U8R, 3U8T, 3U98, 3U9A, 3UTU, 3UWJ, 3VXE, 3VXF, 4AX9, 4AYV, 4AYY, 4AZ2, 4BAH, 4BAK, 4BAM, 4BAN, 4BAO, 4BAQ, 4BOH, 4CH2, 4CH8, 4DIH, 4DII, 4DT7, 4DY7, 4E05, 4E06, 4E7R, 4H6S, 4H6T, 4HFP, 4HFY, 4HTC, 4HZH, 4I7Y, 4LZ1, 4LZ4, 4MLF, 4N3L, 4NZE, 4NZQ, 4O03, 4THN, 5GDS, 7KME, 8KME
Идентификаторы
Символ	F2 ; PT; RPRGL2; THPH1
Внешние ID	OMIM: 176930 MGI: 88380 HomoloGene: 426 ChEMBL: 204 GeneCards: F2 Gene
номер EC	3.4.21.5
Генная онтология
Генная онтология
Функция	• serine-type endopeptidase activity; • receptor binding; • calcium ion binding; • protein binding; • growth factor activity; • thrombospondin receptor activity;
Компонент клетки	• extracellular region; • extracellular space; • endoplasmic reticulum lumen; • Golgi lumen; • plasma membrane; • extracellular vesicular exosome; • blood microparticle;
Биологический процесс	• positive regulation of protein phosphorylation; • proteolysis; • acute-phase response; • cell surface receptor signaling pathway; • multicellular organismal development; • blood coagulation; • blood coagulation, intrinsic pathway; • positive regulation of cell proliferation; • regulation of cell shape; • response to wounding; • negative regulation of platelet activation; • positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase signaling; • peptidyl-glutamic acid carboxylation; • platelet activation; • regulation of blood coagulation; • positive regulation of blood coagulation; • positive regulation of cell growth; • positive regulation of collagen biosynthetic process; • fibrinolysis; • post-translational protein modification; • cellular protein metabolic process; • negative regulation of proteolysis; • negative regulation of astrocyte differentiation; • leukocyte migration; • positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol; • cytosolic calcium ion homeostasis; • negative regulation of fibrinolysis; • positive regulation of phospholipase C-activating G-protein coupled receptor signaling pathway; • positive regulation of reactive oxygen species metabolic process;
	Источники: Amigo / QuickGO
Профиль экспрессии РНК
	Больше информации
Ортологи

Тромбин (фактор свёртывания II) — сериновая протеаза, важнейший компонент системы свёртывания крови человека и животных. Тромбин относится к ферментам класса гидролаз (КФ 3.4.21.5). Катализирует гидролиз пептидных связей, образованных остатками аргинина и лизина, обладает ограниченной субстратной специфичностью. Главная его функция - превращение фибриногена в фибрин. Он действует также на несколько других факторов свертывания.

Синтез

Тромбин образуется при ферментативном отщеплении двух участков от протромбина активированным фактором X (Xa). Активность фактора Xa существенно повышается при его связывании с активированным фактором V (Va), что приводит к образованию т.н. протромбиназного комплекса. Протромбин синтезируется в печени и подвергается ко-трансляционной модификации в ходе витамин K-зависимой реакции, приводящей к конвертации 10 остатков глутаминовой кислоты (Glu) в гамма-карбоксиглутаминовую кислоту (Gla). В присутствии кальция остатки гамма-карбоксиглутаминовой кислоты обеспечивают связывание протромбина с фосфолипидным бислоем мембраны. Недостаточность витамина K или присутствие антикоагулянта варфарина ингибирует образование гамма-карбоксиглутаминовой кислоты, что замедляет процесс свёртывания крови.

Уровень тромбина в крови постепенно повышается с момента рождения пока не достигнет нормального уровня взрослого человека: с концентрации 0,5 U/мл через 1 день после рождения до 0,9 U/мл в 6-месячном возрасте^[2].

Регуляция воспаления

Тромбин, помимо гемостаза, участвует в регуляции процессов воспаления. Его действие реализуется через рецепторы, активируемые протеазами и зависит от концентрации^[3].

См.также

Примечания

↑ PDB 2C93; Howard N., Abell C., Blakemore W., Chessari G., Congreve M., Howard S., Jhoti H., Murray C.W., Seavers L.C., van Montfort R.L. Application of fragment screening and fragment linking to the discovery of novel thrombin inhibitors (англ.) // J. Med. Chem. (англ.) (рус. : journal. — 2006. — February (vol. 49, no. 4). — P. 1346—1355. — doi:10.1021/jm050850v. — PMID 16480269.
↑ Andrew M., Paes B., etal. Development of the human coagulation system in the full-term infant (англ.) // Blood (англ.) (рус. : journal. — American Society of Hematology (англ.) (рус., 1987. — Vol. 70, no. 1. — P. 165—172. — PMID 3593964.
↑ Strukova S.M. Thrombin as a regulator of inflammation and reparative processes in tissues (англ.) // Biochemistry (Moscow) (англ.) (рус. : journal. — 2001. — Vol. 66, no. 1. — P. 8—18. — ISSN 0006-2979. — doi:10.1023/A:1002869310180. (англ.)

[pmid16480269-1] PDB 2C93; Howard N., Abell C., Blakemore W., Chessari G., Congreve M., Howard S., Jhoti H., Murray C.W., Seavers L.C., van Montfort R.L. Application of fragment screening and fragment linking to the discovery of novel thrombin inhibitors (англ.) // J. Med. Chem. (англ.) (рус. : journal. — 2006. — February (vol. 49, no. 4). — P. 1346—1355. — doi:10.1021/jm050850v. — PMID 16480269.

[2] Andrew M., Paes B., etal. Development of the human coagulation system in the full-term infant (англ.) // Blood (англ.) (рус. : journal. — American Society of Hematology (англ.) (рус., 1987. — Vol. 70, no. 1. — P. 165—172. — PMID 3593964.

[3] Strukova S.M. Thrombin as a regulator of inflammation and reparative processes in tissues (англ.) // Biochemistry (Moscow) (англ.) (рус. : journal. — 2001. — Vol. 66, no. 1. — P. 8—18. — ISSN 0006-2979. — doi:10.1023/A:1002869310180. (англ.)

[1]

[2]

[3]

Эндопептидазы: сериновые протеазы/сериновые эндопептидазы (КФ 3.4.21)
Ферменты пищеварения	Энтеропептидаза Трипсин Химотрипсин Эластаза (Нейтрофильная, Панкреатическая)
Коагуляция	факторы: Тромбин Фактор VIIa Фактор IXa Фактор Xa Фактор XIa Фактор XIIa Калликреин (PSA) фибринолиз: Плазмин Активатор плазминогена (Тканевой, Урокиназный)
Система комплемента	Фактор B Фактор D Фактор I MASP (MASP1, MASP2) C3-конвертаза
Другие, иммунная система	Химаза Гранзим Триптаза Протеиназа 3/Миелобластин
Из биотоксинов	Анкрод Батроксобин
Другие	Акрозин Пролилэндопептидаза Проназа Пропротеинконвертаза (1, 2) Рилин Субтилизин/Фурин Стрептокиназа S1P Катепсин (A, G) ClpP Lon