Перейти к содержанию

ImageJ

Эта статья находится на начальном уровне проработки, в одной из её версий выборочно используется текст из источника, распространяемого под свободной лицензией
Материал из энциклопедии Руниверсалис
ImageJ
Логотип программы ImageJ
Скриншот программы ImageJСкриншот ImageJ
Тип Обработка изображений
Разработчик Wayne Rasband (NIH)
Операционная система Any (Java-based)
Последняя версия 1.52u (17 марта 2020)
Лицензия Public Domain
Сайт imagej.net

ImageJ — программа с открытым исходным кодом для анализа и обработки изображений. Написана на языке Java сотрудниками National Institutes of Health[1] и распространяется без лицензионных ограничений как общественное достояние. Открытый API позволяет гибко наращивать функциональность за счёт подключаемых плагинов, а встроенный макроязык — автоматизировать сложные повторяющиеся действия[2]. ImageJ широко применяется в биомедицинских исследованиях, астрономии, географии и других дисциплинах, связанных с анализом изображений, в качестве альтернативы проприетарному ПО.

Плагины сторонних разработчиков охватывают широкий круг задач анализа и обработки изображений: позволяют проводить трёхмерную визуализацию в диапазоне от клеток до рентгенологических изображений[3], автоматические сравнения[4] вплоть до создания автоматизированных систем изучения, например, в гематологии[5]. Архитектура плагинов ImageJ и встроенная в программу система разработки делает эту платформу весьма популярной для работы и преподавания анализа и обработки изображений[6][7].

Пользоваться ImageJ можно через онлайн-апплет или загрузив приложение. Приложение работает во всех операционных системах, для которых есть виртуальная машина Java Virtual Machine версии от 1.4: Microsoft Windows, Mac OS, Mac OS X, Linux и Sharp Zaurus PDA. Исходный код ImageJ находится в свободном доступе[8].

Идеолог и разработчик проекта — Wayne Rasband (Research Services Branch of the National Institute of Mental Health).

Особенности

ImageJ позволяет отображать, редактировать, анализировать, обрабатывать, сохранять и печатать 8-битные, 16-битные и 32-битные изображения. Программа может читать многие форматы изображений, в частности, TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS, а также форматы необработанных (англ. raw) данных. ImageJ поддерживает стеки — серии изображений, объединенных в одном окне, а многопоточные трудоемкие операции могут выполняться на многопроцессорных системах в параллельном режиме. В ImageJ можно вычислять площади и статистические показатели пиксельных значений областей изображения, выделяемых вручную или при помощи пороговых функций, измерять расстояния и углы. строить гистограммы плотности и рисовать профили линий. ImageJ поддерживает базовые функции обработки изображений, например, логические и арифметические операции между изображениями, манипуляции с контрастностью, свертки, фурье-анализ, повышение резкости, сглаживание, обнаружение границ и медианный фильтр. Программа позволяет выполнять геометрические преобразования: масштабирование, поворот, отражение и т.д. Количество одновременно используемых изображений ограничивается только объёмом доступной памяти.

История

До начала создания ImageJ в 1997 году аналогичный анализ изображений позволяла проводить бесплатная программа NIH Image для компьютеров Macintosh и операционных систем до Mac OS X. Ее развитием стала программа Image SXM для работы с изображениями, полученными на сканирующих микроскопах, применяемых для физических исследований. Также была разработана версия для Windows, поддерживаемая Scion Corporation. Обе версии по-прежнему доступны[9].

Примечания

  1. ↑ Collins T.J. ImageJ for microscopy (англ.) // BioTechniques[англ.] : journal. — 2007. — July (vol. 43, no. 1 Suppl). — P. 25—30. — doi:10.2144/000112517. — PMID 17936939.
  2. ↑ Girish V., Vijayalakshmi A. Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ (англ.) // Indian J Cancer[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 41, no. 1. — P. 47. — PMID 15105580. Архивировано 11 апреля 2011 года.
  3. ↑ Barboriak D., Padua A., York G., Macfall J. Creation of DICOM-aware applications using ImageJ (неопр.) // J Digit Imaging. — 2005. — Т. 18, № 2. — С. 91—9. — doi:10.1007/s10278-004-1879-4. — PMID 15827831.
  4. ↑ Rajwa B., McNally H., Varadharajan P., Sturgis J., Robinson J. AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit (англ.) // Microsc Res Tech[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 64, no. 2. — P. 176—184. — doi:10.1002/jemt.20067. — PMID 15352089.
  5. ↑ Gering E., Atkinson C. A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis (англ.) // J Parasitol[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 90, no. 4. — P. 879—881. — doi:10.1645/GE-222R. — PMID 15357090.
  6. ↑ Burger W., Burge M. Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java (англ.). — Springer, 2007. — ISBN 1846283795. Архивная копия от 17 мая 2014 на Wayback Machine
  7. ↑ Dougherty, G. Digital Image Processing for Medical Applications (англ.). — Cambridge University Press, 2009. — ISBN 9780521860857.
  8. ↑ Rueden C.T., Eliceiri K.W. Visualization approaches for multidimensional biological image data (итал.) // BioTechniques[англ.] : diario. — 2007. — Luglio (v. 43, n. 1 Suppl). — P. 31, 33—6. — doi:10.2144/000112511. — PMID 17936940.
  9. ↑ NIH Image: About. Дата обращения: 18 ноября 2008. Архивировано 20 апреля 2012 года.

Литература

  • Jurjen Broeke, Jose Maria Mateos Perez, Javier Pascau. Image Processing with ImageJ. — 2nd Edition. — Packt Publishing, 2015. — 256 с. — ISBN 978-1-78588-983-7.
  • Борис Шилов, Николай Энглевский. ImageJ Программа для изучения медико-биологических изображений. Руководство для исследователя. — LAP Lambert Academic Publishing, 2013. — 312 с. — ISBN 978-3-659-37594-1.


Ссылки

Дистрибутивы

Для облегчения развертывания ПО, ImageJ распространяется также в составе дистрибутивов.

  • Fiji (рекурсивный акроним от Fiji is Just ImageJ): Дистрибутив ориентирован на работу с медико-биологическими изображениями. Поставляется в бинарном виде (x86, x86_64) для основных ОС (Windows, Linux, MacOS). Содержит предустановленные плагины, средство автоматического обновления, интерфейсы для скриптовых языков (см. Scripting).
  • MBF ImageJ, разрабатываемая McMaster Biophotonics Facility. Только для Windows x86.

Подключаемые модули

Программа NIH Image

Источник — https://xn--h1ajim.xn--p1ai/index.php?title=ImageJ&oldid=3116362