В 1849 году учёный отправился в путешествие по Южной Америке, где в меру своих возможностей, отдался изучению Бразилии и Чили (где обогнул по суше мыс Горн), которые, согласно ЭСБЕ: «исколесил вдоль и поперек»[2].
По возвращении в Германию, Бибра поселился в городе Нюрнберге, где продолжал научную деятельность вплоть до самой своей кончины. Он неоднократно выставлял на всеобщее обозрение собранные им в походах этнографические коллекции. Свою деятельность, как писатель, учёный начал опубликовав свои путевые заметки.[1].
Эрнст фон Бибра скончался 5 июня 1878 года в Нюрнберге.
Chemische Untersuchungen über die Knochen und Zähne des Menschen und der Wirbeltiere. Schweinfurt, 1844 (2003 Elibron Classics)
Hülfstabellen zur Erkennung zoochemischer Substanzen. Ferdinard Enke, Erlangen, Druck von E. Th. Jacob 1846.
Untersuchungen über die Krankheiten der Arbeiter in den Phosphorzündholzfabriken. Erlangen 1847
Die Ergebnisse der Versuche über die Wirkung des Schwefeläthers. Erlangen, Emil Harless, Ernst von Bibra 1847
Die Wirkung des Schwefeläthers in chemischer und physiologischer Beziehung. Emil Harless, Ernst von Bibra
Chemische Fragmente über die Leber und die Galle. Braunschweig 1849
Untersuchung von Seewasser des Stillen Meeres und des Atlantischen Ozeans (Liebig-Woehlers), Annalen der Chemie und Pharmazie, Band 77 (1851)
Die Algodon-Bay in Bolivien. K.K. Hof- und Staatsdruckerei, Vienna 1852 (75-116 p. plates. 37 cm. Series: Akademie der Wissenschaften, Vienna. Mathematisch-naturwissenschaftliche Klasse. Denkschriften, Bd. 4, 2. Abh.)
Beiträge zur Naturgeschichte von Chile, Wiener Denkschriften, Mathem.-Naturw. Klasse, 1853, II
Reisen in Südamerika. 2 Bände, Mannheim 1854
Vergleichende Untersuchungen über das Gehirn des Menschen und der Wirbeltiere. Verlag von Basserman & Mathy, Mannheim 1854
Die Narkotischen Genussmittel und der Mensch. Nürnberg, Verlag von Wilhelm Schmid, 1855 /Leipzig, Wiesbaden 1983 / English Plant Intoxicants: A Classic Text on the Use of Mind-Altering Plants ISBN 0-89281-498-5 Healing Arts Press, Rochester, Vermont 1995
Der Kaffee und seine Surrogate. Sitzungsberichte der Akademie der Wissenschaften in München 1858
Die Getreidearten und das Brot. Nürnberg 1860, 1861
Erinnerungen aus Südamerika. 3 Bände, Leipzig 1861 (2007, ISBN 978-3-86503-045-0)
Die Schmuggler von Valparaiso. Aus den Südamerikanischen Erinnerungen des Ernst, Freiherrn v. Bibra. S. 2-20 No. 79 Deutsche Jugendhefte, Druck und Verlag der Buchhandlung Ludwig Auer Pädagogische Stiftung Cassianeum in Donauwörth, c. 1920
Die Schmugglerhöhle. Aus den Südamerikanischen Erinnerungen des Ernst, Freiherrn v. Bibra. S. 20-26 No. 79 Deutsche Jugendhefte, Druck und Verlag der Buchhandlung Ludwig Auer Pädagogische Stiftung Cassianeum in Donauwörth, c. 1920
Aus Chile, Peru und Brasilien. 3 Bände, Leipzig 1862
Die Bronzen und Kupferlegierungen der alten und ältesten Völker, mit Rücksichtnahme auf jene der Neuzeit. Verlag von Ferdinand Enke, Erlangen 1869.
Über einen merkwürdigen Blitzschlag, Gaea, Bd. 5, 1869.
Über den Blitz, Gaea, Bd. 6, 1870.
Über alte Eisen- und Silberfunde. Nürnberg, Richter & Kappler 1873 (2003 Elibron Classics)
Über die Gewinnung des Silbers aus Cyansilberlösungen, und über die Reduction von Clorsilber. - Barth 1876
Ein Juwel. Leipzig 1863
Reiseskizzen und Novellen. Jena ; Leipzig : Costenoble, 1864
Эрнст фон Бибра 
Германия