Bradyrhizobium japonicum
| Bradyrhizobium japonicum | |
|---|---|
 Bradyrhizobium japonicum штамма USDA 110 на агаровой подложке | |
| Научная классификация | |
|
Домен: Тип: Класс: Порядок: Семейство: Род: Вид: Bradyrhizobium japonicum |
|
| Международное научное название | |
|
Bradyrhizobium japonicum (Kirchner[англ.] 1896) Jordan 1982 |
|
| Синонимы | |
|
|
Bradyrhizobium japonicum (лат.) — вид клубеньковых бактерий, сапрофитный азотфиксирующий симбионт сои (Glycine max). Один из самых экономически важных видов бактерий[2].
Описание
Грамотрицательная палочковидная бактерия. Как и другие виды рода Bradyrhizobium медленно растёт в культуре и подщелачивает среду без сыворотки. С 2002 года существует последовательность генома B. japonicum. Размер генома составляет 9105828 пар оснований, содержание GC последовательностей около 64,1 %[3].
B. japonicum способен разлагать катехин с образованием флороглюциновой кислоты, которая затем декарбоксилируется с образованием флороглюцина, который дегидроксилируется до резорцина. Резорцин в свою очередь гидроксилируется с образованием гидроксихинола[4].
Нитратное дыхание
B. japonicum обладает геном nosRZDFYLX, который кодирует фермент, участвующий в денитрификации. Этот фермент имеет две каталитические субъединицы — Cu-a и Cu-z (с несколькими остатками гистидина). Он запускает последовательный каскад экспресси генов, обозначаемый как 'FixJ-FixK2-FixK1', который чувствителен к концентрации кислорода. FixJ положительно регулирует FixK2, который активирует гены нитратного дыхания, а также белок FixK1. Мутанты по FixK1 не способны к нитратному дыханию из-за дефекта медьсодержащей каталитической субъединицы (Cu-z) в гене nosRZDFYLX[5].
Использование
Эта бактерия часто используется в качестве модельного организма для изучения ферментов дыхания[6]. В. japonicum штамма USDA 110, который был впервые выделен из конкреций урожая сои в штате Флорида, США, в 1957 году, широко используется для исследований в области молекулярной генетики, физиологии, экологии[7]. Это связано с тем, что штамм B. japonicum USDA110 имеет более высокий уровень азотфиксации, чем другие штаммы[7].
Примечания
- ↑ Transfer of Rhizobium japonicum Buchanan 1980 to Bradyrhizobium gen. nov., a genus of slow-growing, root nodule bacteria from leguminous plants. Int. J. Syst. Bacteriol., 1982, 32, 136-139.
- ↑ A. B. Hollis, W. E. Kloos & G. E. Elkan. DNA:DNA hybridization studies of Rhizobium japonicum and related Rhizobiaceae (англ.) // Microbiology[англ.]. — Microbiology Society[англ.], 1981. — Vol. 123. — P. 215—222. — doi:10.1099/00221287-123-2-215.
- ↑ Takakazu Kaneko, Yasukazu Nakamura, Shusei Sato, Kiwamu Minamisawa, Toshiki Uchiumi, Shigemi Sasamoto, Akiko Watanabe, Kumi Idesawa, Mayumi Iriguchi, Kumiko Kawashima, Mitsuyo Kohara, Midori Matsumoto, Sayaka Shimpo, Hisae Tsuruoka, Tsuyuko Wada, Manabu Yamada, Satoshi Tabata. Complete Genomic Sequence of Nitrogen-fixing Symbiotic Bacterium Bradyrhizobium japonicum USDA110 (англ.) : journal. — 2002. — P. 189—197.
- ↑ Waheeta Hopper & A. Mahadevan. Degradation of catechin by Bradyrhizobium japonicum (англ.) : journal. — 1997.
- ↑ D. Nellen-Anthamatten, P. Rossi et al. Bradyrhizobium japonicum, FixK2, a Crucial Distributor in the FixLJ-Dependent Regulatory Cascade for Control of Genes Inducible by Low Oxygen Levels (англ.) // [Journal of Bacteriology] : journal. — 1998. — Vol. 180, no. 19. — P. 5251—5255.
- ↑ Westenberg, DJ Bradyrhizobium japonicum (недоступная ссылка). Missouri University of Science and Technology (2008). Дата обращения: 11 июля 2011. Архивировано 16 сентября 2012 года.
- ↑ 7,0 7,1 [EBI] European Bioinfomatics Institute Bacteria Genomes - BRADYRHIZOBIUM JAPONICUM. European Bioinfomatics Institute (2011). Дата обращения: 12 июля 2011. Архивировано 14 мая 2011 года.