28S рРНК

Эта статья находится на начальном уровне проработки, в одной из её версий выборочно используется текст из источника, распространяемого под свободной лицензией
Материал из энциклопедии Руниверсалис
Филогения митохондриальной 16S и ядерной 28S рибосомной ДНК трех видов моллюсков, принадлежащих к роду Waldo

28S рибосомная РНК — структурная рибосомная РНК (рРНК) большой субъединицы эукариотических цитоплазматических рибосом и, таким образом, одна из основных компонентов всех эукариотических клеток. Она имеет размер 25S у растений и 28S у млекопитающих, отсюда название 25S – 28S рРНК[1].

В сочетании с 5,8S рРНК на 5'-стороне, это эукариотический ядерный гомолог прокариотической 23S и митохондриальной 16S рибосомной РНК[2][3][4].

Использование в филогении

Гены, кодирующие 28S рРНК, называют 28S рДНК. Сравнение последовательностей этих генов иногда используется в молекулярном анализе для построения филогенетических деревьев, например, у простейших, [5] грибов, [6] насекомых, [7] тихоходок, [8] и позвоночных[9][10].

Состав

28S рРНК имеет длину, как правило, 4000–5000 нт[11].

У некоторых эукариот 28S рРНК в рибосоме расщеплена на две части, что может[11] происходить как до сборки рибосомы, так и после сборки. На последнее указывает поверхностное расположение места разреза в одном из исследований[11][12]. Явление названо «скрытым разрывом» (hidden break)[11].

Базы данных

Несколько баз данных предоставляют выравнивания и аннотации последовательностей рРНК LSU для сравнительных целей:

  • RDP, [13] Проект базы данных рибосом; [14] [15]
  • SILVA, проект базы данных генов рибосомных РНК. [16]

Примечания

  1. ↑ Lodish, Harvey F. Molecular cell biology / Harvey F. Lodish, James E. Darnell. — Scientific American Books, 1995-01-01. — ISBN 978-0-7167-2380-6.
  2. ↑ Eperon (1980-07-31). «Distinctive sequence of human mitochondrial ribosomal RNA genes» (en). Nature 286 (5772): 460–467. doi:10.1038/286460a0. PMID 6157106.
  3. ↑ Doris (October 2015). «Universal and domain-specific sequences in 23S–28S ribosomal RNA identified by computational phylogenetics». RNA 21 (10): 1719–1730. doi:10.1261/rna.051144.115.
  4. ↑ Lafontaine (2001). «The function and synthesis of ribosomes». Nature Reviews Molecular Cell Biology 2 (7): 514–520. doi:10.1038/35080045. PMID 11433365.
  5. ↑ Baroin (1988-05-01). «Partial phylogeny of the unicellular eukaryotes based on rapid sequencing of a portion of 28S ribosomal RNA» (en). Proceedings of the National Academy of Sciences 85 (10): 3474–3478. doi:10.1073/pnas.85.10.3474. ISSN 0027-8424. PMID 3368456.
  6. ↑ James (2006). «Reconstructing the early evolution of Fungi using a six-gene phylogeny». Nature 443 (7113): 818–822. doi:10.1038/nature05110. PMID 17051209.
  7. ↑ Whiting (1997-03-01). «The Strepsiptera Problem: Phylogeny of the Holometabolous Insect Orders Inferred from 18S and 28S Ribosomal DNA Sequences and Morphology» (en). Systematic Biology 46 (1): 1–68. doi:10.1093/sysbio/46.1.1. ISSN 1063-5157. PMID 11975347.
  8. ↑ Jørgensen (2010-03-01). «Molecular phylogeny of Arthrotardigrada (Tardigrada)». Molecular Phylogenetics and Evolution 54 (3): 1006–1015. doi:10.1016/j.ympev.2009.10.006. PMID 19822216.
  9. ↑ Le (1993-03-01). «A 28S rRNA-Based Phylogeny of the Gnathostomes: First Steps in the Analysis of Conflict and Congruence with Morphologically Based Cladograms». Molecular Phylogenetics and Evolution 2 (1): 31–51. doi:10.1006/mpev.1993.1005. PMID 8081546.
  10. ↑ Mallatt (December 1998). «28S and 18S rDNA sequences support the monophyly of lampreys and hagfishes». Molecular Biology and Evolution 15 (12): 1706–1718. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a025897. PMID 9866205.
  11. ↑ 11,0 11,1 11,2 11,3 Natsidis (December 2019). «Computational discovery of hidden breaks in 28S ribosomal RNAs across eukaryotes and consequences for RNA Integrity Numbers». Scientific Reports 9 (1): 19477. doi:10.1038/s41598-019-55573-1.
  12. ↑ Ben-Shem, A. et al. The structure of the eukaryotic ribosome at 3.0 Å resolution. Science. 334, 1524–1529 (2011).
  13. ↑ Ribosomal Database Project. RDP Release 11, Update 5 (September 30, 2016). Дата обращения: 31 декабря 2016. Архивировано 19 августа 2020 года.
  14. ↑ Olsen (1992-05-11). «The Ribosomal Database Project». Nucleic Acids Research 20 (suppl): 2199–2200. doi:10.1093/nar/20.suppl.2199. ISSN 0305-1048. PMID 1598241.
  15. ↑ Cole (2014-01-01). «Ribosomal Database Project: data and tools for high throughput rRNA analysis». Nucleic Acids Research 42 (D1): D633–D642. doi:10.1093/nar/gkt1244. ISSN 0305-1048. PMID 24288368.
  16. ↑ Quast (2013-01-01). «The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools». Nucleic Acids Research 41 (D1): D590–D596. doi:10.1093/nar/gks1219. ISSN 0305-1048. PMID 23193283.
Источник — https://xn--h1ajim.xn--p1ai/index.php?title=28S_рРНК&oldid=7180216