.NET Bio
| .NET Bio | |
|---|---|
| Тип | Библиотека для Биоинформатики и Геномики |
| Автор | Microsoft Research |
| Разработчик | Outercurve Foundation |
| Написана на | C# |
| Операционная система | Linux, macOS, Windows |
| Аппаратная платформа | .NET Framework, Mono |
| Лицензия | Apache License 2.0 |
| Ссылки | |
| Сайт | research.microsoft.com/en-US/projects/bio/mbf.aspx |
.NET Bio — это библиотека биоинформатики и геномики с открытым исходным кодом, созданная для облегчения загрузки, сохранения и анализа биологических данных. Была разработана для .NET Standard 2.0 и изначально являлась частью Microsoft Biology Initiative в подразделении eScience.
История
.NET Bio изначально была выпущена Microsoft Research под названием Microsoft Biology Foundation (MBF), а затем перевыпущена некоммерческой организацией Outercurve Foundation в качестве свободно распространяемого ПО с открытым исходным кодом под лицензией Apache License 2.0[1].
Возможности
Библиотека состоит из набора объектно-ориентированных классов, написанных на C# для выполнения общих биоинформационных задач, таких как:
- Чтение и запись файлов генетических данных в виде выровненных последовательностей, таких как FASTA и GenBank .
- Доступ к онлайн-сервисам, таким как NCBI BLAST, для поиска фрагментов последовательностей в существующих базах данных.
- Алгоритмы локальных и глобальных выравниваний.
- Алгоритмы сборки последовательности, включая параллельную реализацию ассемблера DeNovo[2].
Хотя сама библиотека написана на C#, её можно использовать из любого .NET- совместимого языка и содержит различные примеры использования, в том числе из сценариев IronPython.
См. также
Примечания
- ↑ MBF Becomes .NET Bio (англ.) (недоступная ссылка) (18 октября 2011). Архивировано 18 октября 2011 года.
- ↑ PadeNA: A parallel de novo assembler. — ISBN 978-989-8425-36-2.