Предсезонная подготовка команды была представлена тренировочными сборами в Хабаровске, которые прошли 15-27 июля и в которых приняли участие около 40 игроков, в том числе хоккеисты на «пробных» контрактах и молодые игроки дублирующего состава дальневосточной команды. Игроки проводили тренировки по красноярскому времени, тренерский штаб предполагал, что это поможет игрокам впоследствии легче переносить акклиматизацию при перелетах на Запад. Кроме этого команда провела тренировочный сбор в Латвии (27 июля — 7 августа), сбор в Одинцово (11-16 августа) и, наконец, сбор 17-21 августа в Новосибирске.
Затем команда участвовала в двух предсезонных турнирах: Кубок «Лады» (3-е место) и Мемориал Блинова (также 3-е место).
Первый официальный матч в сезоне команда сыграла в рамках Континентальной хоккейной лиге 2 сентября 2008 года в «Платинум-Арена», проиграв рижскому Динамо со счётом 2:4. Также этот матч стал первым в истории КХЛ.
14 октября : Стало известно о расторжении контрактов с защитником Андреем Спиридоновым и нападающим Денисом Казионовым.
16 октября : Был подписан контракт с нападающим Мэттью Мёрли, который самовольно покинул расположение клуба НХЛКаролина Харрикейнз. Он был внесен в заявочный список ХК «Амур» и начал выступать в чемпионате КХЛ.
12 ноября : В тренерский штаб ХК «Амур» принят тренер по подготовке резерва Юрий Качалов.
24 ноября : Дисциплинарный комитет ИИХФ вынес решение по трансферу Мэтта Мерли: вынести предупреждение Федерации хоккея России за разрешение хоккеисту Мэтту Мерли выступать за клуб КХЛ «Амур» без действительной международной трансферной карты, но не применять никаких санкций в отношении хоккеиста Мэтта Мерли и клуба «Амур» (Хабаровск).
4 февраля : «Амур» расторг контракт с вратарём с Алексеем Анисимовым.
16 февраля : Были расторгнуты контракты с игроками: вратарём Максимом Ивановым и защитниками Антоном Братухиным и Сергеем Чернышовым, которые выступали за фарм-клуб ХК «Амур».
2 марта : Стало известно о расторжении контракта с защитником Василием Турковским по обоюдному согласию.
21 апреля : Расторгнут контракт с защитником Яковым Селезнёвым.
22 апреля : По результатам первого в истории КХЛ редрафта игроков экс-капитан рижского «Динамо» Алексей Широков перешёл в хабаровский «Амур». В тот же день в «Амур» перешёл защитник «Северстали» Сергей Кагайкин, а из «Амура» в минское Динамо перешёл защитник Андрей Башко.
Победа в основное время(овертайм, буллиты) Поражение в овертайме(по буллитам) Поражение
Время начала матчей указано Московское время
Турнирное положение команд
*Выделены команды, вышедшие в плей-офф Команда, обеспечившая себе место в плей-офф Команда не попавшая в плей-офф
М — место в дивизионе, И — игр, В — выигрышей, ВО — выигрышей в овертайме, ВБ — выигрышей по буллитам, ПБ — поражений по буллитам, ПО — поражений в овертайме, П — поражений, Ш забитые-пропущенные шайбы, ±Ш — разница шайб, О — очков
М — место в дивизионе, И — игр, В — выигрышей, ВО — выигрышей в овертайме, ВБ — выигрышей по буллитам, ПБ — поражений по буллитам, ПО — поражений в овертайме, П — поражений, Ш забитые-пропущенные шайбы, ±Ш — разница шайб, О — очков
.svg){kind=small}
