Фаг Т4

Structural model of bacteriophage T4

Фаг Т4
Строение фага Т4
Научная классификация
Группа: Вирусы Реалм: Duplodnaviria Царство: Heunggongvirae Тип: Uroviricota Класс: Caudoviricetes Порядок: Caudovirales Семейство: Миовирусы Подсемейство: Tevenvirinae Род: Tequatrovirus Вид: Фаг Т4
Международное научное название
Escherichia virus T4
Синонимы
по данным ICTV: Coliphage T2 Coliphage T4 Coliphage T6 Enterobacteria phage C16 Enterobacteria phage PST Enterobacteria phage T4 Phage C16 Phage PST
Группа по Балтимору
I: дцДНК-вирусы

Фаг T4 (англ. Escherichia virus T4, ранее Enterobacteria phage T4) — один из самых изученных вирусов, бактериофаг, поражающий энтеробактерии, в том числе Escherichia coli. Имеет геномную ДНК порядка 169—170 тысяч пар нуклеотидов, упакованную в икосаэдрическую головку. Вирион также имеет ствол, основание ствола и стволовые отростки — шесть длинных и шесть коротких.

Фаг T4 использует ДНК-полимеразу кольцевого типа; его скользящая манжетка является тримером, сходным с PCNA, но она не имеет гомологии ни с PCNA, ни с полимеразой β.

T4 является относительно крупным фагом, имеет диаметр около 90 нм и длину около 200 нм. Вирус использует только литический цикл развития, но не лизогенный.

С фагом Т4 или подобными бактериофагами работали лауреаты Нобелевской премии Макс Дельбрюк, Сальвадор Лурия, Альфред Херши, Джеймс Уотсон и Френсис Крик, а также другие известные ученые — Майкл Россманн, Вадим Месянжинов, Фумио Арисака, Сеймур Бензер, Брюс Альбертс.

В 2016 году, как и другим бактериофагам, Т4 изменили научное название на Escherichia virus T4.

Литература

• Белковая сборка Т4 (анимация)
• Leiman, P.G., Kanamaru, S., Mesyanzhinov, V.V., Arisaka, F., and Rossmann, M.G., «Structure and morphogenesis of bacteriophage T4.»[1]
• Karam, J., Petrov, V., Nolan, J., Chin, D., Shatley, C., Krisch, H., and Letarov, A. The T4-like phages genome project. https://web.archive.org/web/20070523215704/http://phage.bioc.tulane.edu/. (The T4-like phage full genomic sequence depository)
• Mosig, G., and F. Eiserling. 2006. T4 and related phages: structure and development, R. Calendar and S. T. Abedon (eds.), The Bacteriophages. Oxford University Press, Oxford. (Review of phage T4 biology) ISBN 0-19-514850-9
• Filee J. Tetart F., Suttle C.A., Krisch H.M. Marine T4-type bacteriophages, a ubiquitous component of the dark matter of the biosphere (англ.) // Proc. Natl. Acad. Sci. USA : journal. — 2005. — Vol. 102, no. 35. — P. 12471—12476. — doi:10.1073/pnas.0503404102. — PMID 16116082. (Indication of prevalence and T4-like phages in the wild)
• Chibani-Chennoufi S., Canchaya C., Bruttin A., Brussow H. Comparative genomics of the T4-Like Escherichia coli phage JS98: implications for the evolution of T4 phages (англ.) // Journal of Bacteriology : journal. — 2004. — Vol. 186, no. 24. — P. 8276—8286. — doi:10.1128/JB.186.24.8276-8286.2004. — PMID 15576776. (Characterization of a T4-like phage)
• Desplats C., Krisch H.M. The diversity and evolution of the T4-type bacteriophages (англ.) // Res. Microbiol. : journal. — 2003. — May (vol. 154, no. 4). — P. 259—267. — doi:10.1016/S0923-2508(03)00069-X. — PMID 12798230.
• Miller, E.S., Kutter E., Mosig G., Arisaka F., Kunisawa T., Ruger W. Bacteriophage T4 genome (неопр.) // Microbiol. Mol. Biol. Rev.. — 2003. — Т. 67, № 1. — С. 86—156. — doi:10.1128/MMBR.67.1.86-156.2003. — PMID 12626685. (Review of phage T4, from the perspective of its genome)
• Desplats C., Dez C., Tetart F., Eleaume H., Krisch H.M. Snapshot of the genome of the pseudo-T-even bacteriophage RB49 (англ.) // Journal of Bacteriology : journal. — 2002. — Vol. 184, no. 10. — P. 2789—2804. — doi:10.1128/JB.184.10.2789-2804.2002. — PMID 11976309. (Overview of the RB49 genome, a T4-like phage)
• Malys N., Chang D.Y., Baumann R.G., Xie D., Black L.W. A bipartite bacteriophage T4 SOC and HOC randomized peptide display library: detection and analysis of phage T4 terminase (gp17) and late sigma factor (gp55) interaction (англ.) // J Mol Biol : journal. — 2002. — Vol. 319, no. 2. — P. 289—304. — doi:10.1016/S0022-2836(02)00298-X. — PMID 12051907. (T4 phage application in biotechnology for studying protein interaction)
• Tétart F., Desplats C., Kutateladze M., Monod C., Ackermann H.-W., Krisch H.M. Phylogeny of the major head and tail genes of the wide-ranging T4-type bacteriophages (англ.) // Journal of Bacteriology : journal. — 2001. — Vol. 183, no. 1. — P. 358—366. — doi:10.1128/JB.183.1.358-366.2001. — PMID 11114936. (Indication of the prevalence of T4-type sequences in the wild)
• Abedon S.T. The murky origin of Snow White and her T-even dwarfs (англ.) // Genetics : journal. — 2000. — Vol. 155, no. 2. — P. 481—486. — PMID 10835374. (Historical description of the isolation of the T4-like phages T2, T4, and T6)
• Ackermann H.W., Krisch H.M. A catalogue of T4-type bacteriophages (неопр.) // Arch. Virol.. — 1997. — Т. 142, № 12. — С. 2329—2345. — doi:10.1007/s007050050246. — PMID 9672598. Архивировано 1 ноября 2001 года. (Nearly complete list of then-known T4-like phages)
• Monod C., Repoila F., Kutateladze M., Tétart F., Krisch H.M. The genome of the pseudo T-even bacteriophages, a diverse group that resembles T4 (англ.) // J. Mol. Biol. : journal. — 1997. — March (vol. 267, no. 2). — P. 237—249. — doi:10.1006/jmbi.1996.0867. — PMID 9096222. (Overview of various T4-like phages from the perspective of their genomes)
• Kutter E., Gachechiladze K., Poglazov A., Marusich E., Shneider M., Aronsson P., Napuli A., Porter D., Mesyanzhinov V. Evolution of T4-related phages (неопр.) // Virus Genes. — 1995. — Т. 11, № 2—3. — С. 285—297. — doi:10.1007/BF01728666. — PMID 8828153. (недоступная ссылка) (Comparison of the genomes of various T4-like phages)
• Karam, J. D. et al. 1994. Molecular Biology of Bacteriophage T4. ASM Press, Washington, DC. (The second T4 bible, go here, as well as Mosig and Eiserling, 2006, to begin to learn about the biology T4 phage) ISBN 1-55581-064-0
• Eddy, S. R. 1992. Introns in the T-Even Bacteriophages. Ph.D. thesis. University of Colorado at Boulder. (Chapter 3 provides overview of various T4-like phages as well as the isolation of then-new T4-like phages)
• Mathews, C. K., E. M. Kutter, G. Mosig, and P. B. Berget. 1983. Bacteriophage T4. American Society for Microbiology, Washington, DC. (The first T4 bible; not all information here is duplicated in Karam et al., 1994; see especially the introductory chapter by Doermann for a historical overview of the T4-like phages) ISBN 0-914826-56-5
• Russell, R. L. 1967. Speciation Among the T-Even Bacteriophages. Ph.D. thesis. California Institute of Technology. (Isolation of the RB series of T4-like phages)
• Kay D., Fildes P. Hydroxymethylcytosine-containing and tryptophan-dependent bacteriophages isolated from city effluents (англ.) // J. Gen. Microbiol. : journal. — 1962. — Vol. 27. — P. 143—146. — PMID 14454648. (T4-like phage isolation, including that of phage Ox2)