Родился 31 августа 1771 года в небольшом городке Больбек, провинция Нормандия. Начал службу добровольцем 18 сентября 1792 года, а уже через два дня был избран сослуживцами капитаном роты волонтёров Больбека, входившей в состав 7-го батальона волонтёров Нижней Сены. Продвижение по службе в революционной армии шло очень быстро, и 6 октября 1792 года Франсуа стал подполковником и командиром 1-го батальона.
Сражаясь в рядах Северной Армии, 16 августа 1793 года был назначен временным адъютантом генерала Эрнуфа, и в данной должности отличился в битве при Ондскоте 8 сентября 1793 года. Через семнадцать дней после сражения стал временным адъютантом у генерала Журдана. 25 января 1794 года был определён в штаб Северной Армии со званием командира батальона. Затем, 4 февраля 1794 года Рюффен был переведён в 178-ю полубригаду линейной пехоты, с 28 июня того же года входившую в состав Самбро-Маасской армии. 25 июля 1795 года Франсуа вернулся к должности временного адъютанта генерала Журдана. 23 сентября 1796 года получил отпуск, а 19 января 1797 года ему разрешили навестить родные края.
22 октября 1798 года он вновь адъютант у генерала Журдана, а с 19 июня 1799 года – у генерала Нея. 30 июля 1799 года получил звание полковника штаба, и был назначен начальником штаба Дунайской армии. 3 сентября переведён в состав Рейнской армии. В ноябре стал начальником штаба дивизии Нея. Отличился при Энгене (3 мая 1800 года), Ампфинге (1 декабря) и Гогенлиндене (3 декабря).
Служба в эпоху Консульства и ранней Империи
По окончании военных действий, 22 декабря 1801 года стал начальником штаба 15-го военного округа. Затем, 30 августа 1803 года был назначен начальником штаба 1-й пехотной дивизиигенерала Сент-Илера в лагере Сент-Омер. 14 июня 1804 года стал офицером ордена Почётного легиона.
1 февраля 1805 году произведён Императором в бригадные генералы, и 12 марта возглавил 3-ю бригаду в гренадерской дивизии генерала Удино в Аррасе. Успешно провёл кампанию 1805 года, Отличился при Вертингене, Холлабрунне и Аустерлице. По окончании боевых действий стал комманданом ордена Почётного легиона 25 декабря 1805 года. После расформирования элитной дивизии, возглавил бригаду пеших драгун у Удино 5 октября 1806 года.
30 октября присоединился к штабу Великой армии, а уже 2 ноября возглавил 1-ю бригаду вновь воссозданной гренадерской дивизии. Участвовал в осаде Глогау (с 7 ноября по 3 декабря 1806 года), в сражениях при Штрелене (24 декабря 1806 года) и Остроленке (16 февраля 1807 года). Был награждён саксонским военным орденом Святого Генриха. 5 мая 1807 года дивизия Удино влилась в состав новообразованного резервного корпусамаршала Ланна. За свои блестящие действия при Фридланде получил похвалу Наполеона.
Во главе дивизии
3 ноября 1807 года – дивизионный генерал, заменил генерала Пьера Дюпона на посту командира 1-й пехотной дивизии1-го армейского корпуса. 10 марта 1808 года получил ежегодную денежную дотацию в 30,000 франков от королевства Вестфалия, а через девять дней стал графом Империи. 7 сентября его дивизия была переброшена в Испанию. Сражался при Сомосьерре (30 ноября 1808 года), Уклесе (13 января 1809 года), Меделине (28 марта 1809 года) и Талавере (28 июля 1809 года).
5 марта 1811 года в битве при Барросе был тяжело ранен и попал в плен к англичанам. Умер от полученных ран на борту транспортного корабля «Горгона», в гавани Портсмута, 15 мая 1811 года. Был похоронен c воинскими почестями там же, но 4 ноября 1845 года его останки были перезахоронены в родном Больбеке.
Франсуа был человеком с внушительной фигурой, вот как его описывает историк Коллен-Кастень: «Генерал Рюффен имел прекрасное телосложение; он был ростом пять футов семь дюймов (181 см), имел широкие плечи в двадцать восемь дюймов»[1].
А биограф маршала Виктора, Жак Ле Костюмье, отмечал любовь Рюффена к явствам: «Генерал Рюффен был храбрым как в бою, так и за столом. По последнему пункту, ходили слухи, что он не уступал генералу Биссону»[2].
Франция
Легионер ордена Почётного легиона (11 декабря 1803 года)[4]
Офицер ордена Почётного легиона (14 июня 1804 года)[4]
Коммандан ордена Почётного легиона (25 декабря 1805 года)[4]
Кавалер саксонского военного ордена Святого Генриха (1807 год)