Петлевая изотермическая амплификация
Петлевая изотермическая амплификация (англ. Loop mediated isothermal amplification, LAMP) — техника амплификации ДНК в одной пробирке[1]. Метод LAMP позволяет проводить молекулярную диагностику существенно дешевле и быстрее, по сравнению с ПЦР. При диагностике РНК-вирусов метод LAMP позволяет проводить обратную транскрипцию и амплификацию одновременно. Для дизайна праймеров наиболее часто используются программы PrimerExplorer, MorphoCatcher[2], а также NEB LAMP Primer Design Tool. Для дизайна видоспецифичных праймеров особенно полезна совместное использование программы MorphoCatcher и PrimerExplorer, поскольку первая позволяет найти в гене-мишени видоспецифичные и консервативные нуклеотидные полиморфизмы (в сравнении с генами-ортологами), а вторая поместить эти нуклеотидные полиморфизмы на 3'-концах праймеров для увеличения аналитической специфичности тест-системы.
См. также
- К. А. Мирошников. Петлевая изотермическая амплификация ДНК[3].
Примечания
- ↑ Notomi T., Okayama H., Masubuchi H., Yonekawa T., Watanabe K., Amino N., Hase T. Loop-mediated isothermal amplification of DNA (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 2000. — Vol. 28, no. 12. — P. E63. — doi:10.1093/nar/28.12.e63. — PMID 10871386.
- ↑ Shirshikov, Fedor V. (2019-04-26). «MorphoCatcher: a multiple-alignment based web tool for target selection and designing taxon-specific primers in the loop-mediated isothermal amplification method» (en). PeerJ 7: e6801. doi:10.7717/peerj.6801. ISSN 2167-8359.
- ↑ К. Мирошников. Петлевая изотермическая амплификация ДНК (08.I.2014) - YouTube. Дата обращения: 30 сентября 2017. Архивировано 23 сентября 2016 года.