Апратаксин

Апратаксин
Апратаксин
Доступные структуры
Доступные структуры
PDB	Поиск ортологов: PDBe, RCSB
Список идентификаторов PDB
Список идентификаторов PDB
	3KT9, 4NDF, 4NDG, 4NDH, 4NDI
Идентификаторы
Символ	APTX ; AOA; AOA1; AXA1; EAOH; EOAHA; FHA-HIT
Внешние ID	OMIM: 606350 MGI: 1913658 HomoloGene: 41634 GeneCards: APTX Gene
Генная онтология
Генная онтология
Функция	• chromatin binding; • damaged DNA binding; • double-stranded DNA binding; • double-stranded RNA binding; • protein binding; • phosphoglycolate phosphatase activity; • DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity; • polynucleotide 3'-phosphatase activity; • metal ion binding; • protein N-terminus binding; • phosphoprotein binding;
Компонент клетки	• chromatin; • nuclear chromatin; • nucleus; • nucleoplasm; • nucleolus; • cytoplasm;
Биологический процесс	• single strand break repair; • DNA catabolic process, exonucleolytic; • DNA ligation; • double-strand break repair; • cellular response to DNA damage stimulus; • cell death; • dephosphorylation; • regulation of protein stability; • response to hydrogen peroxide; • polynucleotide 3' dephosphorylation;
	Источники: Amigo / QuickGO
Профиль экспрессии РНК
	Больше информации
Ортологи

Апратаксин — белок, кодируемый у человека геном APTX ^[1]^[2]^[3].

Этот ген кодирует члена надсемейства гистидиновых триад (HIT), некоторые из которых имеют активность нуклеотидо-связанных и диаденозино-полифосфатных гидролаз. Кодируемый белок может играть роль в репарации одноцепочечной ДНК. Мутации в этом гене были связаны с атаксией с глазодвигательной апраксией. Были определены этого гена несколько вариантов транскриптов, кодирующих различные изоформы, однако, полная природа некоторых вариантов не была определена^[3].

Функция

Апратаксин удаляет AMP от концов ДНК вслед за неудачными попытками лигирование ДНК-лигазы IV во время присоединения негомологичного конца^[en], позволяя тем самым производить последующие попытки лигирования^[4]^[5].

Взаимодействия

Апратаксин, как было выявлено, взаимодействует с:

Примечания

↑ Date H., Onodera O., Tanaka H., Iwabuchi K., Uekawa K., Igarashi S., Koike R., Hiroi T., Yuasa T., Awaya Y., Sakai T., Takahashi T., Nagatomo H., Sekijima Y., Kawachi I., Takiyama Y., Nishizawa M., Fukuhara N., Saito K., Sugano S., Tsuji S. Early-onset ataxia with ocular motor apraxia and hypoalbuminemia is caused by mutations in a new HIT superfamily gene (англ.) // Nat Genet : journal. — 2001. — October (vol. 29, no. 2). — P. 184—188. — doi:10.1038/ng1001-184. — PMID 11586299.
↑ Moreira M.C., Barbot C., Tachi N., Kozuka N., Uchida E., Gibson T., Mendonca P., Costa M., Barros J., Yanagisawa T., Watanabe M., Ikeda Y., Aoki M., Nagata T., Coutinho P., Sequeiros J., Koenig M. The gene mutated in ataxia-ocular apraxia 1 encodes the new HIT/Zn-finger protein aprataxin (англ.) // Nat Genet : journal. — 2001. — October (vol. 29, no. 2). — P. 189—193. — doi:10.1038/ng1001-189. — PMID 11586300.
↑ ^3,0 ^3,1 Entrez Gene: APTX aprataxin (неопр.).
↑ Rass U., Ahel I., West S.C. Molecular mechanism of DNA deadenylation by the neurological disease protein aprataxin (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2008. — December (vol. 283, no. 49). — P. 33994—34001. — doi:10.1074/jbc.M807124200. — PMID 18836178.
↑ Reynolds J.J., El-Khamisy S.F., Katyal S., Clements P., McKinnon P.J., Caldecott K.W. Defective DNA ligation during short-patch single-strand break repair in ataxia oculomotor apraxia 1 (англ.) // Mol. Cell. Biol. (англ.) (рус. : journal. — 2009. — March (vol. 29, no. 5). — P. 1354—1362. — doi:10.1128/MCB.01471-08. — PMID 19103743.
↑ ^6,0 ^6,1 Date H., Igarashi S., Sano Y., Takahashi T., Takahashi T., Takano H., Tsuji S., Nishizawa M., Onodera O. The FHA domain of aprataxin interacts with the C-terminal region of XRCC1 (англ.) // Biochem. Biophys. Res. Commun. (англ.) (рус. : journal. — 2004. — December (vol. 325, no. 4). — P. 1279—1285. — doi:10.1016/j.bbrc.2004.10.162. — PMID 15555565.
↑ ^7,0 ^7,1 ^7,2 Gueven N., Becherel O.J., Kijas A.W., Chen P., Howe O., Rudolph J.H., Gatti R., Date H., Onodera O., Taucher-Scholz G., Lavin M.F. Aprataxin, a novel protein that protects against genotoxic stress (англ.) // Human Molecular Genetics (англ.) (рус. : journal. — Oxford University Press, 2004. — May (vol. 13, no. 10). — P. 1081—1093. — doi:10.1093/hmg/ddh122. — PMID 15044383.
↑ Clements P.M., Breslin C., Deeks E.D., Byrd P.J., Ju L., Bieganowski P., Brenner C., Moreira M.C., Taylor A.M., Caldecott K.W. The ataxia-oculomotor apraxia 1 gene product has a role distinct from ATM and interacts with the DNA strand break repair proteins XRCC1 and XRCC4 (англ.) // DNA Repair (Amst.) (англ.) (рус. : journal. — 2004. — November (vol. 3, no. 11). — P. 1493—1502. — doi:10.1016/j.dnarep.2004.06.017. — PMID 15380105.

Литература

Aicardi J., Barbosa C., Andermann E. et al. Ataxia-ocular motor apraxia: a syndrome mimicking ataxia-telangiectasia. (рум.) // Ann. Neurol. (англ.) (рус.. — 1989. — Т. 24, nr. 4. — P. 497—502. — doi:10.1002/ana.410240404. — PMID 3239952.
Gascon G.G., Abdo N., Sigut D. et al. Ataxia-oculomotor apraxia syndrome. (англ.) // J. Child Neurol. (англ.) (рус. : journal. — 1995. — Vol. 10, no. 2. — P. 118—122. — doi:10.1177/088307389501000210. — PMID 7782601.
Hannan M.A., Sigut D., Waghray M., Gascon G.G. Ataxia-ocular motor apraxia syndrome: an investigation of cellular radiosensitivity of patients and their families. (англ.) // J. Med. Genet. (англ.) (рус. : journal. — 1995. — Vol. 31, no. 12. — P. 953—956. — doi:10.1136/jmg.31.12.953. — PMID 7891378.
Moreira M.C., Barbot C., Tachi N. et al. Homozygosity mapping of Portuguese and Japanese forms of ataxia-oculomotor apraxia to 9p13, and evidence for genetic heterogeneity. (англ.) // Am. J. Hum. Genet. (англ.) (рус. : journal. — 2001. — Vol. 68, no. 2. — P. 501—508. — doi:10.1086/318191. — PMID 11170899.
Brenner C. Hint, Fhit, and GalT: function, structure, evolution, and mechanism of three branches of the histidine triad superfamily of nucleotide hydrolases and transferases. (англ.) // Biochemistry : journal. — 2002. — Vol. 41, no. 29. — P. 9003—9014. — doi:10.1021/bi025942q. — PMID 12119013.
Shimazaki H., Takiyama Y., Sakoe K. et al. Early-onset ataxia with ocular motor apraxia and hypoalbuminemia: the aprataxin gene mutations. (англ.) // Neurology (англ.) (рус. : journal. — Wolters Kluwer (англ.) (рус., 2002. — Vol. 59, no. 4. — P. 590—595. — doi:10.1212/wnl.59.4.590. — PMID 12196655.
Strausberg R.L., Feingold E.A., Grouse L.H. et al. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2003. — Vol. 99, no. 26. — P. 16899—16903. — doi:10.1073/pnas.242603899. — PMID 12477932.
Tranchant C., Fleury M., Moreira M.C. et al. Phenotypic variability of aprataxin gene mutations. (англ.) // Neurology (англ.) (рус. : journal. — Wolters Kluwer (англ.) (рус., 2004. — Vol. 60, no. 5. — P. 868—870. — doi:10.1212/01.wnl.0000048562.88536.a4. — PMID 12629250.
Le Ber I., Moreira M.C., Rivaud-Péchoux S. et al. Cerebellar ataxia with oculomotor apraxia type 1: clinical and genetic studies. (англ.) // Brain (англ.) (рус. : journal. — Oxford University Press, 2003. — Vol. 126, no. Pt 12. — P. 2761—2772. — doi:10.1093/brain/awg283. — PMID 14506070.
Sekijima Y., Hashimoto T., Onodera O. et al. Severe generalized dystonia as a presentation of a patient with aprataxin gene mutation. (англ.) // Mov. Disord. (англ.) (рус. : journal. — 2004. — Vol. 18, no. 10. — P. 1198—1200. — doi:10.1002/mds.10526. — PMID 14534929.
Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T. et al. Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs. (англ.) // Nat. Genet. : journal. — 2004. — Vol. 36, no. 1. — P. 40—5. — doi:10.1038/ng1285. — PMID 14702039.
Sano Y., Date H., Igarashi S. et al. Aprataxin, the causative protein for EAOH is a nuclear protein with a potential role as a DNA repair protein. (англ.) // Ann. Neurol. (англ.) (рус. : journal. — 2004. — Vol. 55, no. 2. — P. 241—249. — doi:10.1002/ana.10808. — PMID 14755728.
Gueven N., Becherel O.J., Kijas A.W. et al. Aprataxin, a novel protein that protects against genotoxic stress. (англ.) // Human Molecular Genetics (англ.) (рус. : journal. — Oxford University Press, 2004. — Vol. 13, no. 10. — P. 1081—1093. — doi:10.1093/hmg/ddh122. — PMID 15044383.
Humphray S.J., Oliver K., Hunt A.R. et al. DNA sequence and analysis of human chromosome 9. (англ.) // Nature. — 2004. — Vol. 429, no. 6990. — P. 369—374. — doi:10.1038/nature02465. — PMID 15164053.
Habeck M., Zühlke C., Bentele K.H. et al. Aprataxin mutations are a rare cause of early onset ataxia in Germany. (англ.) // J. Neurol. (англ.) (рус. : journal. — 2004. — Vol. 251, no. 5. — P. 591—594. — doi:10.1007/s00415-004-0374-7. — PMID 15164193.
Hirano M., Nishiwaki T., Kariya S. et al. Novel splice variants increase molecular diversity of aprataxin, the gene responsible for early-onset ataxia with ocular motor apraxia and hypoalbuminemia. (англ.) // Neurosci. Lett. (англ.) (рус. : journal. — 2004. — Vol. 366, no. 2. — P. 120—125. — doi:10.1016/j.neulet.2004.05.034. — PMID 15276230.
Amouri R., Moreira M.C., Zouari M. et al. Aprataxin gene mutations in Tunisian families. (англ.) // Neurology (англ.) (рус.. — Wolters Kluwer (англ.) (рус., 2005. — Vol. 63, no. 5. — P. 928—929. — doi:10.1212/01.wnl.0000137044.06573.46. — PMID 15365154.
Clements P.M., Breslin C., Deeks E.D. et al. The ataxia-oculomotor apraxia 1 gene product has a role distinct from ATM and interacts with the DNA strand break repair proteins XRCC1 and XRCC4. (англ.) // DNA Repair (Amst.) (англ.) (рус. : journal. — 2005. — Vol. 3, no. 11. — P. 1493—1502. — doi:10.1016/j.dnarep.2004.06.017. — PMID 15380105.

Ссылки

[pmid11586299-1] Date H., Onodera O., Tanaka H., Iwabuchi K., Uekawa K., Igarashi S., Koike R., Hiroi T., Yuasa T., Awaya Y., Sakai T., Takahashi T., Nagatomo H., Sekijima Y., Kawachi I., Takiyama Y., Nishizawa M., Fukuhara N., Saito K., Sugano S., Tsuji S. Early-onset ataxia with ocular motor apraxia and hypoalbuminemia is caused by mutations in a new HIT superfamily gene (англ.) // Nat Genet : journal. — 2001. — October (vol. 29, no. 2). — P. 184—188. — doi:10.1038/ng1001-184. — PMID 11586299.

[pmid11586300-2] Moreira M.C., Barbot C., Tachi N., Kozuka N., Uchida E., Gibson T., Mendonca P., Costa M., Barros J., Yanagisawa T., Watanabe M., Ikeda Y., Aoki M., Nagata T., Coutinho P., Sequeiros J., Koenig M. The gene mutated in ataxia-ocular apraxia 1 encodes the new HIT/Zn-finger protein aprataxin (англ.) // Nat Genet : journal. — 2001. — October (vol. 29, no. 2). — P. 189—193. — doi:10.1038/ng1001-189. — PMID 11586300.

[entrez-3] 3,0 ^3,1 Entrez Gene: APTX aprataxin (неопр.).

[pmid18836178-4] Rass U., Ahel I., West S.C. Molecular mechanism of DNA deadenylation by the neurological disease protein aprataxin (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2008. — December (vol. 283, no. 49). — P. 33994—34001. — doi:10.1074/jbc.M807124200. — PMID 18836178.

[pmid19103743-5] Reynolds J.J., El-Khamisy S.F., Katyal S., Clements P., McKinnon P.J., Caldecott K.W. Defective DNA ligation during short-patch single-strand break repair in ataxia oculomotor apraxia 1 (англ.) // Mol. Cell. Biol. (англ.) (рус. : journal. — 2009. — March (vol. 29, no. 5). — P. 1354—1362. — doi:10.1128/MCB.01471-08. — PMID 19103743.

[pmid15555565-6] 6,0 ^6,1 Date H., Igarashi S., Sano Y., Takahashi T., Takahashi T., Takano H., Tsuji S., Nishizawa M., Onodera O. The FHA domain of aprataxin interacts with the C-terminal region of XRCC1 (англ.) // Biochem. Biophys. Res. Commun. (англ.) (рус. : journal. — 2004. — December (vol. 325, no. 4). — P. 1279—1285. — doi:10.1016/j.bbrc.2004.10.162. — PMID 15555565.

[pmid15044383-7] 7,0 ^7,1 ^7,2 Gueven N., Becherel O.J., Kijas A.W., Chen P., Howe O., Rudolph J.H., Gatti R., Date H., Onodera O., Taucher-Scholz G., Lavin M.F. Aprataxin, a novel protein that protects against genotoxic stress (англ.) // Human Molecular Genetics (англ.) (рус. : journal. — Oxford University Press, 2004. — May (vol. 13, no. 10). — P. 1081—1093. — doi:10.1093/hmg/ddh122. — PMID 15044383.

[pmid15380105-8] Clements P.M., Breslin C., Deeks E.D., Byrd P.J., Ju L., Bieganowski P., Brenner C., Moreira M.C., Taylor A.M., Caldecott K.W. The ataxia-oculomotor apraxia 1 gene product has a role distinct from ATM and interacts with the DNA strand break repair proteins XRCC1 and XRCC4 (англ.) // DNA Repair (Amst.) (англ.) (рус. : journal. — 2004. — November (vol. 3, no. 11). — P. 1493—1502. — doi:10.1016/j.dnarep.2004.06.017. — PMID 15380105.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]