Фернанду Сантуш начал свою футбольную карьеру в 1966 году в юношеском составе португальского клуба «Бенфика», до 1971 года выступал в основной команде клуба, пока не перешёл в «Маритиму». За последний играл 2 сезона и до 1975 года оставался игроком «Эшторил-Прая».
Свою карьеру игрока Сантуш завершил в возрасте 30 лет. Получил степень бакалавра технического инженера телекоммуникаций и электроники в Лиссабонском институте. В 1987 начал тренерскую деятельность в «Эшторил-Прая». Впоследствии тренировал отечественные «Порту», «Бенфику» и «Спортинг», а также настоящих грандов греческого футбола «АЕК», «Панатинаикос» и «ПАОК»[2]. В феврале 2010 года Фернанду Сантуш был назван тренером десятилетия в Греции[3].
В июне 2010 года, когда после поражения от сборной АргентиныГреция прекратила участие в Чемпионате мира по футболу в ЮАР, Отто Рехагель ушёл в отставку с поста главного тренера сборной Греции[4], вероятным преемником обозреватели сразу назвали Фернанду Сантуша[5][6]. Однако на первое предложение Греческой футбольной федерации Сантуш ответил отказом. После чего совет федерации повысил плату тренера до 600 тысяч евро в год[7]. 28 июня 2010 года после встречи с Софоклисом Пилавосом в Афинах была достигнута договоренность[8][9]. 1 июля 2010 Фернанду Сантуш был официально назначен тренером национальной сборной минимум на следующие два года[10]. Руководил греками на Евро-2012 и ЧМ-2014, на обоих турнирах выходя в плей-офф.
19 июля 2016 года Сантуш поставил подпись под новым контрактом с Португальской федерацией футбола, который рассчитан до 2020 года. 27 декабря 2016 года Сантуш был признан лучшим тренером года среди главных тренеров национальных команд по версии МФФИИС[12].
Португалия
АЕК (Афины)
