Когда стало известно о локауте, Марков принял неожиданное решение о выступлении во втором дивизионе российского чемпионата в составе чеховского «Витязя», которому он помог выйти в Суперлигу. Во время подготовки к следующему сезону стало ясно, что «Флайерз» нужно разгружать платёжную ведомость, результатом чего стал обмен Маркова в «Нэшвилл»[5]. Последним в НХЛ для Даниила стал сезон 2006/07, когда он выступал за «Детройт Ред Уингз»[6].
26 октября2007 года Марков вернулся в Россию, подписав контракт с московским «Динамо»[7]. Весной 2010 года Даниил был отзаявлен из состава «Динамо» по причине инцидента, имевшего место вечером 1 апреля того года. Тогда между Марковым и остановившими его работниками ГИБДД произошёл конфликт, в результате которого игрок был задержан[8]. По итогам расследования стало ясно, что хоккеист был пьян и пытался сбежать от преследовавших его милиционеров[9]. 27 июля 2010 года Даниил вновь вернулся в «Витязь», где стал капитаном команды[10].
30 января2011 года Марков подписал контракт до конца сезона с питерскимСКА[11], в котором он провёл 14 матчей и набрал 7 (1+6) очков. Тем не менее, перед началом сезона 2011/12 Даниил снова стал игроком «Витязя»[12], однако из-за травмы сумел провести на площадке только 27 матчей, а 15 января2012 года он вновь покинул чеховский клуб и заключил соглашение с магнитогорским «Металлургом»[13]. Закачивал сезон в составе московского ЦСКА, в составе которого провёл 4 матча в регулярном чемпионате и 9 матчей в плей-офф, в которых отметился лишь одной результативной передачей.
13 ноября 2013 года, Хоккейный клуб ЦСКА и Даниил Марков расторгли контракт по обоюдному согласию сторон. В сезоне 2013/14, 37-летний защитник провел за ЦСКА 12 матчей, набрав в них 2 (1+1) очка при показателе полезности "-4".
С октября 2016 года вошёл в тренерский штаб московского «Спартака».
Благодарность Президента Российской Федерации (30 июня2009 года) — за большой вклад в победу национальной сборной команды России по хоккею на чемпионатах мира в 2008 и 2009 годах[15]
Россия.svg){kind=small}
